Wir schreiben den 1. April 2008. Seit dem Kampf gegen Malomyotismon sind 6 Jahre vergangen. Die Welt hat sich verändert und so sind auch die Helden, die so viele Abenteuer miteinander erlebt haben, erwachsener geworden. Die Digirtter stehen vor einem neuen Lebensabschnitt, denn sie sind entweder frisch gebackene Studenten, oder es steht das letzte Schuljahr vor den Aufnahmeprüfungen bevor. Was es auch ist, sie sind froh darüber, dass in der Digiwelt im Moment Frieden herrscht und sie nicht gebraucht werden – und wenn doch, gibt es seit dem Kampf mit Malomyotismon viele neue Digiritter weltweit, die nur darauf brennen, ihre eigenen Erfahrungen zu machen.
Doch unsere Helden kommen nicht drum herum immer wieder die Digiwelt zu besuchen und dort zu helfen, denn in der Digiwelt häufen sich in letzter Zeit seltsame Vorfälle, wie extreme Naturkatastrophen, die ganze Dörfer vernichten. Gennai beobachtet noch aufmerksam, während die Digiritter den Digimon nicht stillsitzen wollen und helfen, wo sie nur können.
Doch es werfen sich immer mehr Fragen auf, was in der Digiwelt wohl los ist, oder ob es sich einfach nur um eine zufällige Häufung an Unglücken handelt. Und was hat es mit der starken Aktivität des Meers der Finsternis auf sich? Wie geht es den Kindern, die immer noch die Saat der Finsternis in sich tragen?